许多人担心试管婴儿出生时会有出生缺陷，但这种担心是多余的。不仅试管婴儿不会比自然出生的婴儿更糟糕，而且通过染色体鉴定出来的婴儿也能筛查出许多基因缺陷。

试管婴儿的操作是从体内取出卵子，在实验室培养卵子和精子，然后放入子宫，整个过程不会改变卵子、精子或胚胎。即使胚胎的细胞是从染色体鉴定过程中提取出来的，只有提取和分裂的细胞不会影响胚胎的健康，更不用说使婴儿缺乏手臂和腿了。
但试管婴儿和不久前被解雇的基因编辑之间有着本质上的区别。基因编辑正在触及胚胎的基因，被指责为”玩弄上帝”和改变人类进化了数千万年的基因组。如果上帝是个程序员，基因就会为人类程序编辑代码。基因编辑相当于改变人类的密码。此外，基因编辑还可能改变一些致病基因，引起连锁反应，导致不可预测的灾难。
试管婴儿和移植前基因识别(Pgd)和基因编辑是不同的。pgd只识别胚胎的染色体和基因，而不改变染色体或基因。然而，基因编辑是故意修改染色体上的基因，这是一个巨大的潜在风险。
孕期吸二手烟会造成：死胎；死产；早产；低出生体重；出生缺陷等多种不良情况。 吸烟对于男性的危害：降低俄罗斯试管婴儿精子的产量；增加试管婴儿精子畸形率；降低试管婴儿精子活力；试管婴儿破坏精子DNA的完整性；导致精子DNA碎片率升高。 还有研究发现，俄罗斯试管婴儿多少钱吸烟的男性其子女在儿童时期患肿瘤的概率高于不吸烟的男性。