由于宫腔内人工授精需要把精子注入子宫腔，有并发生殖道感染的可能。国外已有宫腔 内人工授精合并盆腔感染的报告，但发生率低。术中注意无菌操作、培养液中加入青霉素、链霉素对预防感染亦可有效。应用Percoll与上游法可以较有效地减少精液中细菌。另外，由于宫腔内人工授精常采用促排卵治疗，有发生卵巢过度刺激综合症的可能，其中严重过度刺激综合症发生率约为1％，可通过B超监测卵泡发育进行监测，并针对病者年龄、体重及卵巢基础状况调整用药剂量。多胎妊娠与流产也是其合并症之一，宫腔内人工授精治疗妊娠患者多胎妊娠与自然流产率发生率均可高达20％～30%。也有女性生殖道抗精子抗体形成的报告，宫腔内人工授精后妇女抗精子抗体阳性发生率约为4％～8％。

性激素替代治疗(HRT)邮应用外源性雌二醇可缓解雌激素缺乏的症状，可预防雌激素长期缺乏导致的骨质疏松和心脑血管疾病，俄罗斯试管婴儿中心同时即便是HRT所使用的足量雌二醇，也不能抑制POF女性卵泡活性和避孕，因此不会阻碍自然妊娠。